بیشتر از 90% باکتری های مفید در بدن در کولون وجود دارد که مقدار آن به ازای هر گرم از محتویات روده ای به 1012 باکتری می‌رسد. در شرایط طبیعی، باکتری‌های فلور روده، اثرات محافظتی ایجاد می‌کنند و نیازی به مکمل باکتریایی نیست. دلایل نیاز به این باکتری‌ها عبارتند از تغییر عادات غذایی و مصرف غذاهای فرایند شده و استریل شده، مصرف ترکیبات ضد باکتریایی از جمله سرکه و انواع آنتی‌بیوتیک‌ها سبب از بین رفتن باکتری‌های مفید روده می‌شود، استرس و اضطراب، کلر زنی آب، رژیم غذایی نادرست و هضم ناقص غذا از مهم‌ترین این دلایل هستند.
فواید مصرف پروبیوتیک‌ها مدت های طولانی مورد بحث بوده است. مطالعاتی که در پایان قرن گذشته صورت پذیرفت، درک اثر درمانی آن‌ها را بهبود بخشید. به گونه‌ای که در حال حاضر پروبیوتیک‌ها به عنوان مواد سالم شناخته می‌شوند. استفاده از پروبیوتیک‌ها به حفظ سلامت و قدرت بدن، مبارزه با بیماری‌های روده‌ای و سایر بیماری‌ها کمک می‌کند. خاصیت ضد میکروبی، کاهش عدم تحمل لاکتوز ، کاهش سطح کلسترول سرم خون، فعالیت ضد جهشی ، فعالیت ضد سرطانی ، تحریک سیستم ایمنی از جمله مهم ترین اثرات مفید پروبیوتیک‌ها است. همچنین پروبیوتیک‌ها از بروز برخي از بيماري‌هاي عفوني مانند عفونت واژن كه باعث سقط زود هنگام جنين مي‌شود، جلوگيري مي‌كنند و با قرار گرفتن و پوشاندن نقاط اتصال ميكرو‌ارگانيسم‌هاي بيماري‌زا‌‌، از رشد آنها جلوگيري مي‌كنند. همچنین مواد غذايي موجود در بدن را قبل از اين كه توسط ميكروارگانيسم‌هاي بيماري‌زا مصرف شود، استفاده مي‌كنند. همچنین پروبيوتيك‌ها مي‌توانند هم ايمني اختصاصي و هم غير‌اختصاصي را در مقابل بيماري‌هاي روده‌اي تحريك كنند و موجب تحريك سيستم ايمني و دفاعي بدن در برابر باكتري‌هاي بيماري‌زا مي¬شوند. از فعالیت‌های دیگر پروبیوتیک‌ها می‌توان به كاهش و از بين بردن جذب مواد آلرژي‌زاي لبنيات از طريق روده اشاره نمود که حتي موجب كاهش اگزما در نوزادان مي¬شود و از طرفی جذب ويتامين‌ها و مواد معدني موجود در غذا را تسهیل می‌کنند.
مكمل‌هاي غذايي به صورت قرص بايد حتماً داراي روكش محافظ باشند تا باكتري‌هاي مفيد، حين عبور از معده، در اسيد معده از بين نروند. فرآورده هاي لبني، بهترين حامل پروبيوتيك‌ها محسوب مي‌شوند. البته هنوز غني سازي لبنيات با پروبيوتيك‌ها بجز ماست، خيلي رايج نشده است. موز، عسل، مارچوبه، كنگر فرنگي، سير و پياز حاوي موادي هستند كه باعث مي شود باكتري‌هاي پروبيوتيك بهتر رشد كنند. البته براي اثر بخشي بايد مقادير زيادي از آن‌ها مصرف شود. افرادي كه آنتي‌بيوتيك مصرف مي‌كنند و دچار اسهال، عفونت مخمري مهبل و يا دچار سوء تغذيه هستند، در اولويت مصرف پروبيوتيك‌ها قرار دارند. ماده موسوم به آغازگر ماست‌، پروبيوتيك محسوب نمي‌شود.
پروبیوتیک‌ها به طور بالقوه به سلامتی انسان و حیوانات تا حد زیادی از طریق یک طیف گسترده‌ای از برنامه کاربردی کمک می‌کنند. از لحاظ تاریخی، پروبیوتیک‌ها با ایجاد تعادل در فلور روده، در مواد غذایی انسانی و حیوانی بدون اینکه هیچ گونه عوارض جانبی داشته باشند، استفاده می‌شدند. اثرات سلامتی بخش پروبیوتیک‌ها به طور گسترده بررسی شده است و شامل تثبیت جمعیت میکروبی بومی، افزایش سیستم ایمنی بدن، مهار رشد ارگانیسم‌های بیماری‌زا، پیشگیری از اسهال به دلایل مختلف، کاهش عدم تحمل لاکتوز، افزایش ارزش تغذیه‌ای مواد غذایی، کاهش کلسترول سرم، خواص ضد جهشی و ضد سرطانی، کاهش خطر ابتلا به بیماری‌های التهابی روده، بهبود هضم پروتئین‌ها و چربی‌ها، سنتز ویتامین‌ها و سم زادیی‌ها و حفاظت از سموم می‌باشد.
اندرسون و گیلند در سال 1999 دو مطالعه بالینی کنترل شده را برای آزمایش اثرات ماست بر روی سلامتی مربوط به قلب بررسی کردند. آنها گزارش کردند، کاهش متوسط کلسترول سرم با 9/2% با مصرف منظم ماست حاوی لاکتوباسیلوس اسیدوفیلوس و کاهش 6-10 % در عوارض قلبی ناشی از کلسترول منجر به هایپر‌کلسترومی شد.
مطالعه دیگر توسط اووهند و همکارانش در سال 2002 انجام شد، که مشخص کردند مخلوط چند سویه پروبیوتیک متشکل از لاکتوباسیلوس روتری و رامنوسوس و پروپیونی باکتریوم هم باعث افزایش تعداد حرکات روده و هم کاهش ترشح موسین در افراد مسن می‌شوند. مخلوط پروبیوتیک‌ها بیشترین تاثیر را نسبت به لاکتوباسیلوس روتری به تنهایی داشتند (15).
همچنین در سال 2002 گزارش شد که سویه لاکتوباسیلوس کازئی DN-114001 باعث کاهش 40 درصدی اسهال در کودکان می‌شود. ایزولوری و همکارانش در سال 1999 بهبودی قابل توجهی را زمانی که یک مکمل از لاکتوباسیلوس رامنوسوس یا بیفیدو لاکتیس به کودکان 4 تا 6 سال که اگزمای اتوپیک داشتند، مشاهده کردند. در مطالعه دیگری بر روی زنان باردار و نوزادان بود که مشخص شد مصرف ترکیب پروبیوتیک‌های لاکتوباسیلوس رامنوسوس GG باعث کاهش رنج نوزادان دارای درماتیت اتوپیک می‌شود.
در یک مطالعه که در استرالیا بر روی 178 نوزاد و مادر مبتلا به آلرژی که لاکتوباسیلوس اسیدوفیلوس LAVRL-A1 یا placebo را به طور روزانه در 6 ماه اول زندگیشان دریافت کرده بودند، صورت گرفت، نشان داد که هیچ تفاوتی در درماتیت اتوپیک وجود ندارد. با این حال، بعد از 12 ماه میزان حساس بودن به طور قابل توجهی در گروه پروبیوتیک‌ها بالاتر رفت. این نتایج نشان می‌دهد که درمان با پروبیوتیک‌ها خطر ابتلا به حساسیت شیر گاو را افزایش می‌دهد.